Die Neue Universität ist heute das Hauptvorlesungsgebäude für die Geisteswissenschaften.
Das Dritte Reich führte in Heidelberg zur Entlassung einer großen Zahl von Dozenten und zum Ausschluss von Studenten aus politischen und rassischen Gründen. Viele mussten emigrieren, zwei Professoren wurden unmittelbar Opfer des Terrors. Durch das Wirken profilierter Regimeanhänger war Heidelberg als braune Universität verrufen, der "lebendige Geist" wurde offiziell durch "den deutschen Geist" ersetzt, dem dann wie überall Viele huldigten.
Am Ende des Zweiten Weltkriegs war die Universität äußerlich unzerstört, bedurfte aber der geistigen Erneuerung. Unter Federführung von Jaspers wurde eine neue Satzung ausgearbeitet, in der sich die Universität verpflichtete, "dem lebendigen Geist der Wahrheit, Gerechtigkeit und Humanität zu dienen." Erster Rektor der Nachkriegszeit war der Chirurg Karl Heinrich Bauer.
Im Zuge des Ausbaus und der Expansion wurde die Universität räumlich geteilt: Für die Naturwissenschaften und einen Teil der Medizin entstand im Neuenheimer Feld eine Campus-Universität, während die Geisteswissenschaften ihr angestammtes Quartier in der Altstadt behielten.
Reformen veränderten die bisherigen Strukturen. Bestand die Universität seit ihrer Gründung aus vier Fakultäten (Theologie, Recht, Medizin, Philosophie) und kamen 1890 die Naturwissenschaften als fünfte Fakultät hinzu, wurde sie 1969 in 16 Fakultäten aufgegliedert.
Auch der traditionell große Anteil von Ausländern hat sich nach dem Krieg wieder eingestellt. Dass trotz der hohen Zahlen Lehre und Forschung auch heute noch als einheitliche Aufgabe verstanden werden, sieht die Universität in allen ihren Gliedern als Herausforderung und Verpflichtung an.